食管乳頭瘤樣增生是良性病變，病因尚不明確。可能與長期進食粗糙食物、進食過燙食物等不良飲食習慣有關，也可能是由於反流性食管炎、食管黏膜損傷等原因所致。
一、不良飲食習慣
1.進食粗糙食物：若患者經常進食堅果類、粗糧類等較為粗糙的食物，可能會對食道產生一定摩擦和刺激，導致局部出現異常增生的情況。
2.進食過燙食物：如果經常吃火鍋、麻辣燙等溫度較高的食物，可能導致食管黏膜被燙傷而形成疤痕組織，從而引起上述情況的發生。
二、其他原因
1.反流性食管炎：通常由胃酸分泌過多以及抗反流功能下降等因素引起，在炎癥的反復刺激下可使食管處發生糜爛或潰瘍面，進而導致局部纖維化，並逐漸形成小凸起，表現為食管乳頭瘤樣增生。